一、信心之重要
“信”指能令心澄净，对佛、菩萨、教法等不起疑心的精神作用。亦即信心、信仰。俱舍宗将之列为十大善地法之一，唯识宗立之为十一善心所之一。
在佛法的修行过程中，信心向被视为最重要的入手处，如《大乘本生心地观经》云：“或有菩萨。以不信心而为恐怖。如人无手虽至宝山终无所得。无信手者虽遇三宝无所得故。”
此外，仁王般若经卷上等亦以信心为菩萨行之始源，而将其置于菩萨位之首。因此信列居五根之首。所谓五根，即信、精进、念、定、慧。
信受所闻所解之法而无疑心，亦即远离怀疑之清净心。《杂阿含经卷二十六》云：“何等为信力？于如来所起信心，深入坚固。”
在学佛的历程中，信心贯彻一切，依其次第，可分为三阶段，即：
第一、信可——或称信忍！即由深刻的理解而起的净信，属信解位。
第二、信求——即由确立信解而精进修学，属解行位。
第三、证信——又作证净！即由实践而证得没有疑惑的净信成就。
关于信心的内容，《大乘起信论》说有四种信心，即信真如、信佛有无量功德、信法有大利益、信僧能正修行而自利利他，此为大乘之一般性说法。另有解信、仰信之说。
由此可见得信心对于修持一个法门的重要性，而药师经中也屡言信心的重要！
二、药师法门之难遇难信难解
第一、药师佛本愿难遇
《大般涅盘经》云：“人身难得，如优昙花。”又云：“堕三恶道者，如大地土；受生人界者；如爪上土。”
《杂阿含经》卷十五记载：“世尊告诸比丘：‘譬如大地悉成大海，有一盲龟寿无量劫，百年一出其头，海中有浮木，止有一孔，漂流海浪，随风东西。盲龟百年一出其头，当得遇此孔不？’阿难白佛：‘不能，世尊！所以者何？此盲龟若至海东，浮木随风，或至海西，南、北四维围繞亦尔，不必相得。’佛告阿难：‘盲龟浮木，虽复差违，或复相得。愚痴凡夫漂流五趣，暂复人身，甚难于彼。’”
此处以“盲龟浮木”的譬喻来说明人身之难得。其大意是说，一只瞎了眼的乌龟每百年才浮出海面一次，而有一块浮木只有中间一孔，在海上漂流，若要每百年遇上盲龟伸出头一次，又要刚好套到木孔上，这样的机率微乎其微，以此来譬喻人身的难得。
如同上述所说人身已经如此的难得了，若要在具足人身的情况下，信仰敬重三宝更加的难！《四十华严》云：“无量亿千劫，佛名难得闻。”又云：“如来难可得见闻，无量亿劫今乃遇。”而倍此更难的是有缘听闻药师佛本愿名号功德！
在〈玄奘译本〉中佛说：“阿难！人身难得；于三宝中，信敬尊重，亦难可得，闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是！”
〈晋译本〉云：“我说是药师琉璃光佛如来本愿功德，难可得见，何况得闻！亦难得说、难得书写、亦难得读！”又云：“人身难得。于三宝中，信敬尊重，亦难可得。闻彼如来名号，倍难于此。”
可见能如实信受、至心专念药师佛本愿功德名号者，可说是非常难得、很有福报的。行者若能于此思维药师佛本愿之难遇，当会增长珍重、信乐之心。
第二、诸佛甚深行处难信
何以如此难以信入呢？
在药师经里有提到：“有诸众生，信根不具，闻说诸佛甚深行处，作是思惟：云何但念药师琉璃光如来一佛名号，便获尔所功德胜利？”
另外〈晋译本〉中佛也说：“其世间人虽有眼耳鼻舌身意，人常用是六事以自迷惑，但信世间魔邪之言，不信至真至诚，度世苦切之语，如是辈人难可开化也！”
此段佛说到世间凡夫只相信他肉眼亲见及耳闻等的感受，但对于佛的甚深功德境界却无法深信。
所谓的“信根”是三十七道品中的五根之一！信为入理之根本，根者坚固不动之义；此系以信心坚固不动摇比喻草木之根。据《释摩诃衍论》卷一载，信有十义，即：澄净、决定、欢喜、无厌、随喜、尊重、随顺、赞叹、不坏、爱乐。根亦有十义，即：下转、隐密、出生、坚固、相续、出离、集成、茂叶、具足、高胜。因此若具备这些条件，才可说是信根具足。
所谓“难信之处”是指缺乏信心者，难以相信有“但至心专念药师佛的名号，便可得到本愿功德的加持利益”之事。殊不知名号功德是药师如来以成佛后的佛果，直接回施给众生而获世出世间利益的佛行事业。再者要信任一个活生生在自己身边的亲友都不容易了，更何况去相信从未谋面、但却愿意帮助自己消业离苦得乐、解脱生死成佛的大觉者呢？这确实是非常不可思议，难以为人所理解信受的。既使声称修持药师法门的行者，还是有信心尚未具足，无法全然信受佛力本愿，以致于未达至心专念、契入相应的情况存在。
比如，有人持念药师佛，但由于业障的关系，自己的悕求并没有得偿所愿，因而怀疑佛愿不灵，或疑惑自己是否不适合此法？若有这类情形，其实这都是业重福薄、无法信解诸佛甚深功德的缘故；这种人只相信自己的妄念分别、眼见耳闻，也就符合了经中说的：“智能狭劣、少见少闻”，更可证明药师佛本愿名号之难信，如〈玄奘译本〉所云：“此是诸佛甚深所行，难可信解”。
第三、如何生起信心
〈晋译本〉中说：“唯有百亿诸菩萨摩诃萨。当信是言耳。唯有十方三世诸佛当信是言！”
〈玄奘译本〉云：“一切声闻、独觉，及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解，唯除一生所系菩萨。”
《四十华严》中亦云：“尽十方三世，一切大声闻，不能知如来，所有微妙法。复尽彼三世，十方诸缘觉，亦不知如来，所有神通事。况复处流转，盲瞑诸凡夫，结使之所缚，而能测佛境？如来无碍智，过量及非量，离于语言道，一切无能说。”
又云：“智身无所着，远离于身相，难思佛境界，众圣莫能知。”
《八十华严》云：“诸佛境界不思议，一切众生莫能测。”是说，有兴趣者可详阅华严经，即知佛的境界确实殊胜不可思议。
由此可知，对诸佛甚深所行生起真实信心之不易，更可衬托出药师法门之殊胜难得。此处经文举出了只有大菩萨与诸佛能够如实信解，其本意是诸佛的甚深智能功德境界，薄地凡夫是无法真实了解的；然而我们可以藉由相信这些诸佛菩萨为我们所示现的信心而起信，因为连这些佛陀及大菩萨都相信药师佛的本愿功德名号了，何况作为凡夫的我们，为什么只相信自己的浅知感官呢？
另外〈玄奘译本〉云：“阿难白言：‘大德世尊！我于如来所说契经，不生疑惑；所以者何？一切如来身语意业，无不清净。世尊！此日月轮，可令堕落；妙高山王，可使倾动，诸佛所言，无有异也。’”
我们唯有相信世尊广长舌相的推荐与保证的真实语，而对药师佛的本愿殊胜功德生起信心；就如同有一位自己所信任的亲友，他曾经出国旅游，归来后亲口描述国外的胜景，基于我们平时对他信任的缘故，而相信国外有如此的胜景，这也是这段所含有的意义。
信心又总结有四种：
其一、信真如——闻我说深妙之法无上空义，应生信敬贵重之心，必当得至无上正真道也。（晋译本）
其二、信佛宝——一切如来身语意业无不清净。世尊！此日月轮可令堕落，妙高山王可使倾动，诸佛所言无有异也。信药师佛所发十二大愿真实绝无虚妄，信释迦佛所说亦绝无二言。
其三、信法宝——信佛所说药师经决定有大利益。
其四、信僧宝——谓信百亿诸菩萨摩诃萨所相信的药师佛本愿功德名号。
《往生论》注卷下又提到，称名忆念尚不满所愿者，乃因有三种不相应之故，即：“一者信心不淳，若存若亡故。二者信心不一，无决定故。三者信心不相续，余念间故。”
淳心：为信心坚固之心——诸佛所言无有异，坚决相信、恭敬尊重佛说之药师佛本愿功德。
一心：为祇信不疑之心——阿难言：“唯唯天中天，我从今日以去无复尔心，唯佛自当知我心耳。”学（习）阿难尊者，从此没有第二心，决定专修、专弘药师法门。
相续心：为常续不断之心——经中说：“若闻我名至心称念”“若闻我名，专念受持”，即是专修专念之心。不被其它俗念、杂念所乱。
“信”为道源功德母！要坚信释迦牟尼佛及药师佛的话语。相信药师经的功德利益。相信药师佛真实存在、法力无边。虽然无形无相，看不见、摸不着，但佛的威神之力遍满虚空法界、无处、无时不在。
“信”是我们接收药师佛本愿功德的前提。如同收音机的调谐旋钮，只有当我们的频率与电台的频率一致时，才能收到电台的讯号。
我们的信心与佛心若一致就能够接受到佛的本愿功德力，信心越至诚恳切接收到的佛力信号就越清晰强大。如果心存疑惑，我们的信心就与佛心有所偏离差距，接收到的佛力信号必定微弱杂乱，且受干扰。如果全无信心，则完全接收不到佛的本愿功德力。
《易经》系辞曰：“二人同心，其利断金”；《素书》曰：“神莫神于至诚”。如果我们的信心真能达到“至心”的程度，则药师佛的种种本愿功德无一不能圆满实现。任何人间奇迹、不可思议之事都可以创造变现出来。
仅仅有了“信”还不够，还要通过“行”才能实现！例如，玄奘法师，发起了至诚西行求法的信愿心，还必须通过艰难困苦的长途跋涉，才能到达佛国。不真正去实践，信愿心是无有实现的一天的；称名诵经就相当于我们行路。
我们的业障深重，只有通过称名诵经才能拔除。我们的福德浅薄，只有通过称名诵经才能培植增厚。称一声名号，业障就减少一分；诵一遍经文，福德就增厚一寸。称诵的越多，获得的佛功德力就越多，可消灾祸于无形，可化障碍于无形。所以称名诵经不是一朝一夕一遍两遍之事。
有人对诵经称名的重要性认识不足而轻视，或者把诵经当作应付来交差。诵经时心中急促、杂念纷飞，没有把身心依靠在药师佛上。陷于危困之境、无依无靠、无救无归的罪苦众生，不信靠药师佛，退步是没有出路的。
还有人整天忙于事务，认为诵经称名耽误时间无暇顾及。一个人事业的好坏与自己的福德成正比。单凭自己的力量忙碌奔波，终究局限于自身福德的宿业范围内。
诵经称名依靠佛力可不断增厚我们的福德，我们的世出世间事业便可突破原来自力宿业的局限，获得单凭自力宿业终生无法取得的成就。所以，诵经称名虽然用了少许时间，但所起的效用、所节约的时间是不诵经称名远远无法相比的。
称名诵经时，一定要按照药师经中的要求，做到“若能至心称我名者”。这个“至心”至关重要，“至心”是称名诵经功效的关键。要把自己的一切交给佛。唯有信靠佛力，自己的命运才能有所改观。认识到这一点，诵经时自然而然就能心意恳切、不急不躁、沉静专一。
要达到“至心”信受药师经是不容易的事，有些人需要有一个过程，或者要经过多次反复，随着自己的亲身体验感受逐步深入。
总之，信心的建立不是一蹴可几的！必须每日读诵药师经、忆念药师佛不辍，并且在生活中深入体会思维十二大愿的慈悲殊胜。虽然还没有生起不退的信心，但诵经念佛的日常功课行持，不管遇到任何因缘都不为所动，这样的话才有信入的希望；当有了信心之后再精进修持，也就会慢慢的消除业障，进而更加深入理解此法门之殊胜，渐渐生起真实不退的信心，也不会再三心两意、见异思迁，如此才是真正入门修持的开始。
三、如何消除不信之罪
有人持诵了一段时日，不见效果，便退失初心，废弃不前。这一方面反映了此人信心不足，感应力弱小；另一方面应知业障有深浅。未见效者应反省自己的业障有多重。
业障浅者，消业的时间短；业障重者，消业的时间长。坚持不懈地念诵下去，终有将业障全部消除的一天。一年不见效念两年，两年不见效念五年，五年不见效念十年，毕生念下去，直至命终，毫不怀疑。
未见效的时间越长说明业障越深重，越应该生起深重的惭愧心，更应痛心忏悔而不应怨天尤人疑谤药师经。般若经赞毁品说：一切功德赞叹经典为大；一切罪过以毁谤经典为重。若是因为疑惑不信而出言毁谤正法，就会因此堕落恶道。
浅智凡夫因为业深障重，对于药师佛的本愿功德无法生信祛疑，等而下之者甚至造作毁谤；有这些障碍产生时，若能真诚忏悔、至心专念药师佛本愿功德名号的话，疑谤的罪障也会消除的。
在《五千五百佛名经》中说道：“南无药师琉璃光王如来：若称彼佛如来名者，一切殃罪悉皆除灭。”
〈晋译本〉中言：“佛告文殊：其世间人豪贵下贱。不信佛、不信经道、不信沙门、不信有须陀洹、不信有斯陀含、不信有阿那含、不信有阿罗汉、不信有辟支佛、不信有十住菩萨、不信有三世之事、不信有十方诸佛、不信有本师释迦文佛、不信人死神明更生、善者受福恶者受殃，有如是之罪应堕恶道。闻我说是药师琉璃光佛名字之者，一切过罪自然消灭。”
另外，〈玄奘译本〉提到：“阿难说道：‘世尊！有诸众生，信根不具，闻说诸佛甚深行处，作是思惟：云何但念药师琉璃光如来一佛名号，便获尔所功德胜利？由此不信，还生诽谤。彼于长夜失大利乐，堕诸恶趣，流转无穷！’佛告阿难：‘是诸有情若闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，不生疑惑，堕恶趣者无有是处。’”
阿难述毕不信诽谤的过失罪业后，世尊继而提到若人因一时的业障遮蔽导致不信、疑惑、毁谤的话；有幸听闻药师佛本愿功德，能转心忏悔、至心专念受持药师琉璃光佛名号，从此不再疑谤的话，便能灭除罪障，无有堕落恶道之虞。
四、难中之难
药师法门属“难信易行”的“他力易行道”，因为药师佛本愿名号是以佛的不可思议果德，直接回施给众生，这种甚深境界唯佛与佛能知。如经中言：“彼佛世尊药师琉璃光如来所有功德，此是诸佛甚深行处，难可解了。”
如来秘密不可思议加持而现起之圣号，为何说是“秘密不可思议”呢？
因为，佛的果觉，佛的功德，佛的事业，以其余九界有情的自力无法思维衡量，就像国王的秘密，普通（平）民百姓无法理解一样，所以是秘密不可思议。
“加持”，加是加被，持是任持。所谓圣号，就是如来加持名号，因为是从如来秘密不可思议加持而现起的缘故。在佛成就正觉时，以法性缘起力、以本愿力、以三摩地力、以善根力，法尔显现的圣号，决定是无上的如意宝王，能赐给众生圆满的安乐。
药师琉璃光佛极大尊贵，智能巍巍难可度量；释迦佛说若祂用一劫、或一劫多的时间，仍然难以述尽彼佛的无量菩萨行、无量善巧方便、无量广大愿的殊胜！
佛在经中反复赞叹人身难得，而能接触药师佛本愿的因缘更是难遇；若能突破“难遇”的关卡，还有难信。世间人仅凭信自己浅陋的感官所局限，是难于三宝处生起如实信仰的；而药师佛救度众生的本愿更是难信，因为只有一生所系菩萨才能真正信解药师佛的甚深本愿功德；若能信入，尚有难解一关，之所以难解是因药师佛本愿功德实为佛果境界，唯佛与佛能知；一般人若不能至心专念，真修实证的话，是难以信解少分的，更遑论如实信受了！
印顺法师言：“阿难的信，与我们的信，同属于仰信；真正的如实信，那就要亲自体证，所以极其不易。”
药师佛本愿名号救度众生的佛行事业，一般人是难以相信理解的，因而也难以生起信心。
不管修持任何法门，最难跨越的就是疑念的障碍，更何况药师法门是甚深、难信、难解之法。对于药师法门有疑念时，若能保持观照不被此妄念影响，就能明白这样的妄念是虚幻无常的。另外，可多读赞叹药师法门的文章，多歌咏赞颂药师佛、多听闻药师经讲座，透过了解药师法门之殊胜，可以培养与坚固自己的信心。
勿以凡夫浅薄的世智辩聪蠹测佛境界、怀疑佛力是否能救度我们，或认为佛是否缺少什么功德；既然佛是无上士、正遍知者，意谓佛已经福慧圆满、具足一切功德了，我们称念佛号，祂必然能照见无碍而来救度我们的，请放心的把自己的身心交给佛来调伏吧！
所以，应当至诚相信佛力本愿，而非抱持自己的执着、妄想、分别念不放。也勿起是否有其它尊佛菩萨比较高明、更能救度我们的分别念；若究竟证得无上正等正觉的药师佛不能度化我们，那么还有哪尊佛菩萨能做到呢？
我们惟有坚信释迦佛所说，及信药师佛已成佛，本愿功德真实不虚、圆满成就，若人发至诚心，专念药师佛本愿功德名号，佛必定不违本誓的给予加持。
药师行者应于经中此段难信难解之文反复讽诵、思维，便能稍微体会药师本愿功德之殊胜难遇；如此在修持时更能生起难遭、难遇，珍重恭敬之信心，方能不退转于此法，而得药师佛本愿功德之摄受，今生来世离苦得乐，业消福增、究竟成佛！
南无药师琉璃光佛！
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