壹、药师如来本事
药师如来梵名“Bhaisajya·guru·Vaidurya·prabharajah”（药师琉璃光王），通称为药师琉璃光如来，简称药师佛。
依《药师如来本愿经》（隋达磨笈多译），东方过娑婆世界十恒河沙佛土之外，有佛土名为净琉璃，其佛号为药师琉璃光如来。药师琉璃光如来之名号来源，是以能拔除生死之病名为药师，能照度三有之黑闇，故名琉璃光。现身为东方琉璃世界的教主，领导者日光遍照与月光遍照二大菩萨等眷属，化导众生。
《药师经疏》引述药师佛与二大菩萨的由来，谓过去世界有电光如来出世，说三乘法度众生。尔时有一梵士养育有二子，见世界浊乱而发菩提心，要教化世界诸苦众生。佛以其发愿欲利重病众生，改其号为医王。二子皆饶益幽冥众生，长名日照，次名月照；尔时医王，即为东方药师如来，二子即为二大菩萨——日光遍照菩萨、月光遍照菩萨。
药师如来的弘法利生工作，是秉持在行菩萨道时所发的十二大愿而来。这十二大愿满足众生世出世间的诸般愿求。在出世间上，药师佛希望在成就菩提时“令一切有情如我无异”、“证得无上菩提”等。而在世间上则有“使众生饱满所欲而无令少”、“使一切不具者诸根完具”、“除一切众生众病、令身心安乐”、“使众生解脱恶王劫贼等横难”等愿。
这些誓愿基本上，虽然也在促使众生早证菩提，但另一方面也著重于为众生求得现世的安乐。这与阿弥陀佛偏向来生往生极乐的安乐，有所不同。这也是佛教界称呼药师如来为“消灾延寿药师佛”，而将药师法会视为现生者消灾延寿法门的理由。
东方琉璃世界纯一清净，地为净琉璃所敷，城阙宫殿等。也都由七宝所成。其国土中无诸染欲，也没有三恶趣等苦恼。其庄严殊胜之处，宛如极乐世界阿弥陀佛的净土。
贰、药师经同本异译的问题
本经的同本异译有四译或五译的说法。实观的《药师经义疏》倡四译说：
其一、宋孝武帝大明元年（西元四五七年）丁酉，沙门释慧简于秣棱（江苏、江宁县）鹿野寺译出，名为《药师琉璃光经》，亦名《灌顶拔除过罪生死得度经》。此经自《大灌顶经》第十二卷抄出。
其二、大业十一年（隋炀帝、西元六一五年）南印度罗啰国（此据《开元录》与《贞元录》；《大唐内典录》与《翻经图纪》则云为北天竺乌场国沙门达磨笈多及法行、明则、长顺、海驭等译，在东都（洛阳）洛水南上林园翻经馆重译，名为《药师如来本愿经》。
其三、唐代三藏法师玄奘在京师（长安）大慈恩寺翻经院译出，乃为现今之流通本。据《内典录》所载，可能为贞观年间翻译，但《开元录》及《贞元录》则以为是永徽元年（西元六五零年）五月五日所译，沙门慧立笔受。
其四、沙门义净于和帝（唐中宗）神龙三年（西元七零七年，此年九月改元景龙）丁未于佛光寺内翻译《药师琉璃光七佛本愿功德经》二卷。此经上卷总明东方药师七佛净土，下卷特明药师琉璃光佛净土及其本愿功德。与玄奘的译本约略相同。
比较前后各本，或简或繁文辞杂糅，傅之后徒或生疑惑。而唐玄奘的译本，在译文上咸认较为恰当，故成为流通之版本。
东晋之帛尸梨蜜多罗所译之《灌顶经》第十二卷，一名《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》与《药师琉璃光经》同本。
据实观的《药师经义疏》谓有九卷《灌顶经》，即——一者《灌顶二千神王护比丘咒经》；二者《灌顶十二神王护比丘咒经》；三者《灌顶三归五戒带佩护身咒经》；四者《灌顶白结神王护咒经》；五者《灌顶宫宅神王守护左右咒经》；六者《灌顶冢墓因缘四方神咒经》；七者《灌顶伏魔封印大神咒经》；八者《灌顶摩尼罗亶大神咒经》；九者《灌顶召五方龙王摄疫毒神咒经》；而十二卷《灌顶经》是加上，十者《佛说灌顶梵天神策经》；十一《佛说灌顶随愿往生十方净土经》；十二《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》等三卷。但《灌顶随愿往生十方净土经》一卷是后汉灵帝光和年中（西元一七八——一八三年）支谶所翻译的。而《佛说灌顶梵天神策经》有人以为是疑伪经。所以《灌顶经》的后三卷有可能是帛尸利蜜多罗的后人所附加。而十二卷《灌顶经》是《开元录》所记载，因此判断开元时代前所集成。
叁、本经的疑伪说
《药师经》的疑伪说最早出现于僧佑的《出三藏记》卷五新集伪撰杂录第三，其中说到：“《灌顶经》一卷：一名《药师琉璃光经》，或名《灌顶拔除过罪生死得度经》；右一部宋孝武帝大明元年秣棱鹿野寺比丘慧简依经抄撰。”而且因为慧简所抄撰之经，与东晋帛尸梨蜜多罗译的《佛说大灌顶神咒经》第十二《拔除过罪生死得度经》为同一经，故本经亦怀疑为疑伪经。
但从内容观察，疑伪说之论证，显然证据不足。
肆、本经之内容
本经一开始是——
一、序分：佛在毗舍离国广严城乐音树下说法。尔时文殊菩萨请佛演说诸佛名号及大愿功德，令闻者业障消除，以利乐像法诸有情等。
二、明本誓利益：十二大愿章：佛告文殊：去此东方十殑伽沙佛土，有净琉璃世界，佛号药师琉璃光如来十号俱足。彼佛于行菩萨道时，曾发利乐有情之十二大愿。
三、果德章：说明药师佛土之庄严，与极乐世界等无差别。其国一向清净无有女人、恶趣。有无量菩萨众，而以日光遍照、月光遍照二大菩萨为上首。
四、佛号功德章：明听闻及忆念佛号之种种功德。因听闻及忆念药师佛号能使布施、持戒、精进、忍辱诸波罗蜜速得圆满。亦能解脱一切魔难、咒术、障碍，恒生善道。
五、八大菩萨章：明佛弟子若能长时受持八分斋戒者，以此善根愿生西方极乐世界无量寿佛所，而未能决定者；若听闻药师佛的名号，临命终时，佛遣文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨等八大菩萨，示其道路，极乐化生。
六、转女成男章：若为女人，至心持念药师佛号，能得转女成男。
七、药师真言章：演说药师真言及其种种功德、使用方法。
八、文殊章：文殊菩萨誓于像法时，以种种方便，令诸净信得闻药师佛名号。若能称扬药师名号及受持此经，则四大天王及其眷属将供养守护。且能免除一切横死，及诸恶鬼神侵扰等。
九、阿难章：佛问阿难，是否信解药师佛之功德。阿难言：“我于如来所说契经，不生疑惑。”
十、救脱菩萨章：救脱菩萨问佛：诸众生为病患所困，死相现前，琰魔法王与俱生神交涉时，如何解脱？佛告以病人亲属、知识，若能为彼皈依药师如来，读诵《药师经》，燃七层之灯，悬续命五色神旛，供养药师佛，经七日、二十一日、三十五日或四十九日，彼神识得还。救脱菩萨复对阿难说明，续命旛灯造法；及帝王如何解脱治国之七难，而得七福。复次救脱菩萨复对阿难解说，供养药师佛可脱离九种横死。
十一、十二神将章：会中有十二药叉大将，各有七千药叉为眷属，同白佛言：誓愿拥护药师琉璃光如来法门。若有受持药师佛名号及供敬、供养、流布《药师经》者，彼将使之解脱一切苦难。并教以若有疾厄，求度脱者，读诵此经，以五色缕结十二药叉神将名字，得如愿已，然后解结。以上为此经大意。
而唐义净于神龙三年翻译之《药师琉璃光七佛本愿功德经》有上下二卷。
其内容大要如下：
【卷上】
一、此经的说处与听众。
二、此经之启请者曼殊师利法王子。
三、为未来世像法众生说此经。
四、东方过四殑伽河沙佛土的光胜世界有善名称吉祥王如来，行菩萨道时立八大愿。
五、东方过五殑伽河沙佛土的妙宝世界有宝月智严光音自在王如来，建立有八大愿。
六、东方过六殑伽河沙佛土的圆满香积世界有金色宝光妙行成就如来，建立有四大行愿。
七、东方过七殑伽河沙佛土的无忧世界有无忧最胜吉祥如来，建立有四大行愿。
八、东方过八殑伽河沙佛土的的法幢世界有法海雷音如来，建立有四大行愿。
九、东方过九殑伽河沙佛土的的善位世界有法海胜慧游戏神通如来，建立四大行愿。
十、东方过十殑伽河沙佛土的净琉璃世界有药师琉璃光如来，建立十二行愿。
【卷下】
十一、净琉璃世界之净土功德及日光、月光菩萨。
十二、无量寿佛与药师如来。
十三、药师如来真言。
十四、七佛供养法。
十五、七佛如来甚深功德。
十六、琰魔法王。
十七、四十九灯与杂彩旛四十九首。
十八、救脱菩萨。
十九、十二药叉大将。
二十、如来定力琉璃光大神咒。
二一、八戒斋。
二二、执金刚菩萨。
二三、于佛像身安佛舍利。
二四、未来世后五百岁，法灭时护持是经。
二五、此经之各种名称。
伍、“药师经”与“药师七佛经”经本同异的问题
《药师七佛经》在西藏亦有翻译，其七佛名称如下：
一、善名称吉祥王如来（西藏名mtshan-legs-dpal）
二、宝月智严光音自在王如来（藏名sgra-dhynans-rgyal-po）
三、金色宝光妙行成就如来（藏名ser-ba-bral-dri-ma）
四、无忧最胜吉祥如来（藏名mya-nan-med-mchog-dhan）
五、法海雷音如来（藏名chos-sgrags-rgya-mtshohi-dbyans）
六、法海胜慧游戏神通如来（藏名mdon-mkhyen-rgyal-po）
七、药师琉璃光如来（藏名sman-bla-sgyal-po）
民国二十三年西康红教之诺那上师，至金陵时，其弟子曾将此经咒音用藏、汉、英文对译。在其序中以为在唐译的五部《药师经》中，只有义净将药师七佛全经译出，其余的只有单独节译出琉璃光如来的部份。
这个问题古来即有诤论，《阿娑缚抄》中帖决云：“七佛者，犹彼新译经七佛欤。谓《本愿药师经》唯译下卷文，新译经《药师七佛经》加上文也。”可见自古即有人疑玄奘等旧译是节本，而义净的新译是全本。
但是西藏藏经中的“甘珠尔（经部）”中，关于《药师经》也有两部。一与玄奘译本相当，另一本则与义净所译之《药师琉璃光七佛本愿功德经》相当。
由此看来不管是中国与西藏，都有两种不同经本的流传。如果只是将玄奘等旧译本，单纯的视为节本，可能不尽属实。
理由如下：
其一、《药师经》文字不多，没有节译的必要。
其二、此经历经慧简、达磨笈多及玄奘的翻译，其翻译的成品始终如一。如果是节译，应当很容易将全本译出，不会造成三人同样节译的状况。
其三、玄奘连六百卷《大般若经》此等钜著都全本译出，何况只有不到万字的《药师经》，会在有前二译的状况下，不全本译出的道理。
其四、《药师经》如果是《药师七佛经》的节译，此节译同时在中国与西藏出现，实在太不可思议了。
依以上的推断，我们可以认为《药师经》与《药师七佛经》的梵本是不同的。但是，是否有可能《药师七佛经》在印度已经被节录成《药师经》呢？
个人以为，这种机会极小，因为慧简于宋孝武帝大明元年（西元四五七）、达磨笈多于隋炀帝大业十一年（西元六一五年）、玄奘于唐永徽元年（西元六五零年），三本于翻译时间相差二百年，他们不可能每个人都携带节本，而藏译也不会恰好带到同本的节译。因此，我们可以推论《药师经》与《药师七佛经》，在印度就有不同的版本与传承，《药师经》也并非《药师七佛经》的节译，或许两者也有可能是同源异流，这在《道行般若经》与《大品般若经》的传译也曾发生过。当时魏晋的义学家都将《大品般若》当作《道行般若》的母本，事实上两者的梵本并不相同，而只是同源异流而已。那《药师七佛经》的来源如何呢？我们可以推断认定此经较《药师经》的流行较晚，是建立在药师法的修持基础上糅合其他经典而成立的，其流行时间约在玄奘回国之后，义净回国之前。玄奘于唐太宗贞观十九年（西元六四五年）回国，义净于武后证圣元年（西元六九五年）回国，这五十年之间，是《药师七佛经》最有可能流行的时间。
陆、“药师佛”与“药师七佛”佛身同异的问题
药师佛与七佛名号各别，佛土亦议；但自古以来，七佛是一体、异体的问题，各有不同看法。
《阿娑缚抄》说：“《本愿经》云：‘造彼如来形像七躯”，二经不同也，本愿经只见药师像七体，《七佛经》明七佛各别名并净土本愿。智泉云：“二经心各别也，随依一意可修之。’”依此，以为二经根本上有所不同，其依据之心要与七佛之体、净土、本愿亦有所不同。所以又说：“依二卷经（药师七佛经）修之者，善名称等七佛为本尊；依一卷本（药师经）者，药师七体。”
但是《阿娑缚抄》传述传教大师的作为，又有如下的看法，《阿娑缚抄》：“又传教大师镇西造立给七如来。中如来其名药师见传，若依此意，彼七佛犹是药师如来一佛异名欤！”这是以为七佛皆为药师一佛的异名。
又说：“玄奘七佛开一佛故，专译第七药师功德。义净一佛又七佛故，委译七佛各别功德；而药师琉璃光如来七佛本愿经题，终药师琉璃光如来本愿功德结名。......本愿经又请问词云：‘唯愿演说如是相类诸佛名号。’世尊答云：‘劝请我说诸佛名号。’依师说推，此词指善名称等云诸佛欤！......然者二经附合，七佛一揆......是则一佛改名号，七佛成正觉者。”这个说法有极浓调和味道，欲解决二经之相异点，以为七佛即一佛。
又说：“江师云：七佛名号各别也，必皆非药师欤！但七佛药师者虽各别，药师始故，为名谓药师等七佛云也。”这是认为药师七佛是相异的七佛，而非同体了。
总结这些看法，则“《药疏》云：‘七佛经题《药师如来七佛本愿经》者有二义：一者，相传释云，前六佛药师分身也，摄化归本，名《药师七佛经》；二者，从第七佛得名，言总意别，故言《药师七佛经》。’”而东密则以为药师七佛，皆为净琉璃世界的药师如来。
在《觉禅钞》更直接指出，《本愿经》中的七躯像，即《药师七佛经》的七佛，《觉禅钞》说：“《本愿经》一佛，《七佛经》各别尊，一体分身也。......又两经见始终更无差异也。《本愿经》形像七躯者，二卷经《七佛经》所说七佛也。或《七佛抄》云：‘七佛同是一体分身，随机缘取七佛净土，成佛利生。’”
由以上这些说法看来，认为《药师经》与《七佛经》同本者，有认为一佛与七佛同体的看法。但从上卷的论证，我以为此经并非只有节略的差异而已。我认为《药师经》与《药师七佛经》的来源或由不同的传承；或由《药师经》在传承中，经由药师行者依据药师法，而辗转扩大附丽而成。在佛教的修持中本有许多不可思议的境界，而密宗之经轨，经由如此而增加其内容，亦非不可理解。
药师佛与药师七佛就修持者而言，可依不同之心要与因缘而取修；也可以认为药师七佛即药师佛之分身而修之。其实一佛与七佛的证得，同属宗教的内证，只要在论理上清晰可明，修持上圆满向上，自能圆同药师佛，进入真实药师法界。
柒、药师法之修持概要
修持药师法，最紧要者为知药师佛心，而知药师佛心当依药师佛愿。药师佛的悲愿广大不可思议，能成就一切众生，世出世间的愿望。
在药师佛第一大愿中，愿一切如彼无异，具足相好，不是愿一切众生成佛吗？而第二愿，表现了其净土与身相的特殊庄严——身如琉璃、内外清净、无复瑕垢。这是修持药师法的行人所不可或忘的。而药师佛能使众生远离一切恼害，满足现实的一切愿求，更是独特的愿行。
修持药师法，当具足药师的因地愿行，如此不管持名、诵咒、观想、结印，自然能尽速趋入药师法海，成就净琉璃世界，圆满药师琉璃光如来。
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